Hashirama, o primeiro Hokage, e Madara são personagens mencionados no universo de Naruto diversas vezes e por muito tempo sua história foi um segredo. Mas durante a guerra, com os dois personagens revividos, era o momento perfeito para contar essa grande história do passado do universo de Naruto.

Hashirama e Madara mostram momentos antes da formação da Vila da Folha, a rivalidade entre os dois clãs e a amizade dos dois que aos poucos foi se desfazendo. Além disso, ao final desse pequeno arco temos uma grande batalha entre os dois, sendo possível visualizar todo o poder de Hashirama.

Sakura, apesar de fazer parte do trio de protagonista, na maior parte do tempo é deixada de lado e não recebe tanta atenção como deveria. Durante a primeira saga de Naruto Shippuden, parecia que isso seria mudado, já que ela estava tendo mais destaque, e o episódio Luta Entre Marionetes: 10 vs 100, mostra isso.

O episódio é o grande confronto contra o vilão da saga, Sasori, mas ao invés de termos Naruto no papel principal, temos Sakura junto de Chiyo, uma ninja médica muito importante para o momento. A luta é espetacular e mostra todo o resultado de seu treinamento com Tsunade, colocando ela pelo menos no momento, no mesmo nível de seus companheiros.

O ataque de Pain em Konoha é para alguns o ápice de Naruto Shippuden e durante grande parte da saga mostra o quão forte o vilão é. Mas no episódio Chibaku Tensei as coisas começam a mudar.

Durante o episódio Naruto está com a quarta cauda da Raposa liberta, prestes a liberar mais poder que está sendo contido pelo colar do Primeiro Hokage. Pain utiliza um de seus poderes mais poderosos, o Chibaku Tensei, para tentar conter o protagonista, mas se prova inútil. Por fim, Naruto estava prestes a sucumbir a Raposa, mas o Quarto Hokage surge para interromper.

Durante todo o início da jornada de Naruto a maior parte dos habitantes de Konoha o via como um monstro por ter a Raposa de Nove Caudas em seu corpo. Com o passar dos anos o protagonista vai aprendendo a lidar com isso e as pessoas a sua volta começam a ver o potencial e a bondade do protagonista.

O Herói de Konoha é um episódio que acontece logo depois dos eventos com Pain e a destruição de Konoha. Depois de muitos anos Naruto é visto como o grande herói do local, adorado por todos e feliz. Esse é um dos momentos mais importantes para a jornada de Naruto e deixa uma sensação de esperança no espectador.

Durante a Quarta Guerra Ninja, vários ninjas foram revividos pelo Edo Tensei e lutaram controlados por Obito e Kabuto. Entre eles está Asuma, que acaba sendo obrigado a enfrentar seus antigos pupilos, Ino, Choji e Shikamaru.

O peso dramático do momento é gigantesco, com o trio de ninjas reencontrando seu antigo sensei e precisando enfrentá-lo. É divertido ver o Ino-Shika-Cho em ação e é emocionante ver Asuma em seus poucos momentos de consciência própria feliz ao fim da batalha com o quão longe seus pupilos chegaram.

Um dos confrontos mais antecipados de todo o anime de Naruto era Sasuke vs Itachi, devido a toda construção do irmão mais velho do Uchiha ter sido responsável pela morte de todo o clã, deixando somente Sasuke vivo.

O confronto entrega tudo que o público estava esperando, uma luta visualmente espetacular, mostrando o máximo de habilidades de cada um, bem como um pouco mais do passado desses dois personagens e um grande desfecho. Sasuke chega bem próximo de sua derrota, mas Itachi já estava bem debilitado de sua doença e encerra dando um toque na testa de Sasuke, igual o que ele fazia quando os dois eram mais jovens.

Naruto enfrenta Sasuke algumas vezes durante toda a obra, principalmente pelo fato de que um dos objetivos do protagonista é trazer seu antigo amigo de volta para Konoha. A Batalha Final, como o nome do episódio já diz, mostra o último confronto entre esses dois personagens e de longe o mais espetacular do anime.

A luta traz um pouco de tudo, os poderes grandiosos da reta final do anime, socos e chutes, Rasengan contra Chidori e até mesmo momentos de confrontos do passado trazendo uma nostalgia para o momento. Os dois se enfrentam até que não tem nenhuma energia, encerrando a batalha com os dois perdendo um dos braços.

Naruto não teve contato com seus pais, já que ambos morreram no seu nascimento. Durante seu treinamento para a Quarta Grande Guerra ele consegue entrar em contato com Kushina, sua mãe, que conta um pouco de sua história.

Obrigado é o último episódio desse pequeno arco que conta sobre o ataque de Obito e a Raposa de Nove Caudas à Aldeia da Folha. Kushina encerra a história pedindo desculpa por ela e Minato fazerem dele o receptáculo, onde Naruto diz que não precisa daquilo já que ele nunca os culpou. Por fim, ela abraça o protagonista enquanto está desaparecendo, deixando o garoto em prantos.

A morte de Asuma é um dos momentos de tristeza de Naruto Shippuden e o impacto especialmente em Shikamaru é muito bem construído - o que nos leva ao episódio Quando Você Amaldiçoa Alguém, Você Cava sua Própria Cova, que mostra o confronto do ninja contra Hidan, responsável pela morte de seu sensei.

A luta não é tão glamurosa como várias outras que estão nessa lista, mas mostra toda a esperteza de Shikamaru e como seu plano perfeito vai se resolvendo durante a luta. Por fim, temos o desfecho satisfatório do confronto com as partes do corpo de Hidan sendo enterradas pelo local, já que ele é imortal.

Esse não é necessariamente um único episódio, mas um pequeno arco, que talvez seja o mais marcante e memorável em Naruto Shippuden. Ele mescla momentos do passado de Jiraiya, mostrando ele e Minato, o quarto Hokage e pai de Naruto, com o Sannin adentrando a Vila da Chuva e enfrentando Pain.

O momento é o mais triste da franquia, por mostrar a morte de um dos personagens mais queridos de Naruto, depois de uma grande batalha, que serve também para mostrar o tamanho do poder de Pain, o vilão da saga que se inicia após esse evento.