Ao longo de toda a série, não são apresentados sistemas de crenças definidos como religiões. Apesar disso, muitos acreditam nos poderes superiores que deram origem aos ninjas, como o Sábio dos Seis Caminhos. O que mais se aproxima de uma religião estruturada é o jashinismo praticado por Hidan, por meio do qual ele cultuava um suposto deus que garantia a ele imortalidade.

Com a dificuldade de se diferenciar entre poder lendário e divindade de fato, alguns grandes ninjas passaram a ser chamados de Deuses dos shinobi. Eles, no entanto, não eram criaturas divinas, sendo inclusive alguns dos personagens que conhecemos ao longo da história. O grande impacto que tiveram historicamente também não muda o fato de que não há um culto dedicado a eles de fato, fazendo com que o termo Deus não seja utilizado com sentido realmente religioso.

Por fim, existem situações que mostram que, dentro do universo, um determinado grupo considerava certos personagens como deuses. E em casos específicos até existiram cultos dedicados a eles, como é o caso de Pain. Para o público, no entanto, é fácil perceber que tudo depende dos poderes que eles possuem, que também não tem origem divina.

Assim, o fato é que não existem muitas religiões propriamente estabelecidas dentro desse universo. Na maioria dos casos, os deuses na realidade são ninjas tão poderosos que atingiram um nível mítico, o que em situações específicas resulta em um culto.

O termo Deus dos shinobi é utilizado na série como uma espécie de título. Ao invés de se referir a uma real divindade, alguns ninjas de grande habilidade e poder inigualável recebem essa designação. Três personagens bem importantes na trama foram chamados assim: Hiruzen Sarutobi, Hashirama Senju e Hagoromo Ōtsutsuki.

Como se sabe, os dois primeiros eram apenas humanos. Ambos foram Hokages da Vila da Folha, e seus poderes e sabedoria incomparáveis garantiram a eles reconhecimento acima da média mesmo entre os outros líderes. Ainda assim, eles não eram nem se tornaram realmente deuses. Foram suas habilidades como ninjas e seu impacto no mundo que os fizeram ficar conhecidos assim.

Por inicialmente parecer bem mais distante que o Terceiro Hokage, a lenda de Hashirama se aproxima ainda mais de fazer dele um deus. Quando sua história é contada, no entanto, é perceptível que ele era apenas um ninja, mesmo que contasse com as circunstâncias especiais de ser um dos que herdaram o chakra de Indra ou Asura ao longo das gerações.

Entre todos aqueles que foram chamados de Deus dos Shinobi, o Sábio dos Seis Caminhos é o que realmente mais se aproxima de ser uma divindade. Isso porque, além de seus poderes muito além do nível humano, ele de fato estabeleceu um sistema de crenças ninja, o chamado Ninshū. Assim, não só seu poder se tornou venerado, como também seu caminho e ensinamentos, embora eles tenham se corrompido com o passar do tempo.

Hagoromo e seu irmão gêmeo, Hamura, foram os primeiros a nascer com chakra. Isso porque sua mãe, Kaguya Ōtsutsuki, havia recebido este poder ao comer o fruto da Árvore Divina. Quando os dois nasceram, ela ficou enraivecida pela divisão de seu chakra, levando-a a se fundir com a Árvore e se tornar a Dez Caudas.

Quando os irmãos a derrotaram, Hagoromo se tornou o primeiro jinchuuriki ao selar a Besta com Caudas em si mesmo. Foi essa vitória que o fez atingir status de deus, e depois de desfazer o que sua mãe havia feito, ele escolheu seguir um caminho pacífico e pregar seus ideais.

Ele também foi o responsável por difundir o chakra entre outras pessoas, dividindo o seu próprio com todos por onde passava. Isso, combinado à sua vitória contra a Dez Caudas, seu desejo pela paz e seus ensinamentos, o tornaram conhecido como Salvador deste Mundo.

O principal objetivo de Hagoromo era trazer a paz ao mundo. Entendendo os mistérios do chakra, ele começou a distribuí-lo, acreditando que o chakra compartilhado conectaria as energias espirituais das pessoas. Isso permitiria que todos se entendessem melhor, mesmo com comunicação mínima, fazendo com que se preocupassem uns com os outros e rezassem pela segurança de todos.

Desse modo, os ensinamentos do ninshū tinham como objetivo ser um caminho para a paz que Hagoromo desejava, gerando maior compaixão e compreensão. Mas, por melhores que as intenções dele fossem, isso não aconteceu.

Ainda em vida, Hagoromo percebeu que não atingiria a paz que tanto desejava. Ao invés de considerar seu sonho impossível, porém, ele escolheu confiá-lo a seus filhos, Asura e Indra. Embora tenha ensinado a ambos, ele confiou seu poder apenas para Asura, por perceber que ele realmente compartilhava de seus valores. Insatisfeito com a decisão e sendo manipulado pelo Zetsu Negro, Indra se ressentiu, voltando-se contra seu irmão e contra o caminho de seu pai.

Foi por causa dele que o Ninshū se desvirtuou, levando ao caminho do ninjutsu. O jovem Ōtsutsuki buscou unir as forças de seu espírito e corpo ao invés de dividi-las com outros, transformando o poder em uma arma. Com o tempo, mais e mais pessoas adotaram este caminho, deixando de lado as crenças que Hagoromo havia trabalhado duro para semear.

Antes de Hagoromo, a grande divindade do mundo ninja era sua mãe, Kaguya. No anime, é revelado que originalmente ela veio de outro planeta, enviada pelos Ōtsutsuki para obter o fruto da Árvore Divina, mas ela acabou se afeiçoando ao novo mundo. Se aproximando de um imperador, Kaguya acabou permanecendo entre seu povo.

A paz não reinou por muito tempo, no entanto. Quando outra nação começou a ameaçar guerra, o imperador decretou que aqueles que atacassem os representantes do outro país seriam executados, visando diminuir as tensões entre eles. Mas Kaguya quebrou esta ordem ao ser ameaçada, fazendo com que ela fosse caçada por sua própria nação.

A princípio, seus propósitos para buscar poderes divinos não eram terríveis. Mesmo tendo perdido sua fé na humanidade por conta desses eventos, ela ainda desejava a paz, acreditando que aquele poder extraordinário era a única forma de acabar com as guerras. Assim, ela foi contra seu clã e ao invés de colher o fruto da Árvore Divina para eles, Kaguya o comeu.

Como contado em Naruto, isso deu a ela grande poder, despertando o Rinne Sharingan e a tornando a primeira pessoa a obter chakra. Com suas novas habilidades, ela acabou com as guerras e tomou controle das nações sozinha. Por dar fim aos conflitos humanos, as pessoas começaram a cultuá-la como a Deusa Coelho.

Tudo isso acabou a mudando consideravelmente. Com o tempo, Kaguya deixou a paz de lado, querendo apenas poder. Ela chegou a se voltar contra seus próprios filhos, Hagoromo e Hamura, por terem nascido com chakra, quando ela acreditava que toda esta força deveria ser apenas dela. Até mesmo o povo acabou conhecendo seu lado terrível, e a Deusa Coelho passou a ser chamada de Demônio.

Diferente de seu filho, a personagem não tentou estabelecer ensinamentos ou confiar o futuro às próximas gerações. Ao contrário, seu Complexo de Messias a levou a estabelecer apenas a si mesma como uma deusa, acreditando que só ela poderia proteger e unir ao mundo. Apesar de inicialmente cultuada, Kaguya acabou sendo vista negativamente e depois esquecida, até seu retorno no fim da série.

Toda a jornada de Nagato foi influenciada pelas ações de outros, e mesmo seu Rinnegan é, na realidade, uma herança de Madara. Por conta destes olhos, ele foi considerado uma reencarnação do Sábio dos Seis Caminhos e o Salvador deste Mundo. Depois, seu poder fez com que ele se tornasse conhecido como Deus entre os habitantes da Vila da Chuva.

Essas crenças levaram o ninja a ver a si mesmo como um deus. Por causa disso, ele acreditava que era seu dever libertar o mundo por meio da destruição. Assim, muitas de suas ações são decorrentes de seu suposto propósito divino, embora em seu fim ele tenha começado a pensar diferente, questionando se seu encontro com Naruto não teria sido resultado dos planos de uma real divindade.

Dentro do universo, é mostrado que a Vila da Chuva de fato cultuava o personagem como um deus, considerando Konan seu anjo. A população possuía até pequenos símbolos dessa fé, como os origamis que Jiraiya nota quando investiga o local. Assim como os outros, porém, é perceptível para o público que no fim Nagato era apenas um humano com grandes poderes, não uma real divindade.

Jashin é uma das poucas divindades apresentadas como tal, bem como a única que parece de fato possuir poderes sobrenaturais. Diferente dos chamados deuses da série, ele realmente possui um culto dedicado a si, o qual conhecemos inicialmente por meio de Hidan.

Tanto o mangá quanto o anime apresentam muito poucas informações sobre este deus. A princípio, tudo que se sabe é que a imortalidade de Hidan supostamente seria sua obra, uma benção concedida por todos os sacrifícios que o membro da Akatsuki teria realizado. Assim, apesar de misterioso ele se mostrava potencialmente muito poderoso, bem como uma divindade maligna que valorizava a destruição, o sofrimento e a morte.

Após o fim da série, as light novels Akatsuki Hiden e Konoha Shinden revelaram um pouco mais sobre Jashin. A princípio, a Vila da Folha teria investigado o culto após seu contato inicial com Hidan, mas nenhuma informação foi encontrada, levando à noção de que tudo seria apenas uma invenção do criminoso. Anos após a Quarta Guerra Ninja, rumores sobre um grupo de jashinistas levariam Mirai Sarutobi, Kakashi Hatake e Might Guy a novas investigações. Dessa vez, eles encontram um grupo que vinha cometendo sequestros e reunindo vítimas para realizar um grande sacrifício ritualístico para o deus.

O líder deles, Ryūki, sugere que sacrificar todas essas pessoas a Jashin faria com que o deus o tornasse imortal, como aconteceu com Hidan. Mas a divindade também parece garantir outras habilidades a seus seguidores, como a capacidade de utilizar as chamadas Técnicas Amaldiçoadas. Elas funcionam de forma semelhante aos Selos Amaldiçoados, mas não precisam ser aplicadas diretamente no alvo para que a maldição tenha efeito.

O jashinismo é a única religião vista que conta com um culto bem estruturado. Além das crenças em comum, eles possuem todo um sistema de rituais, bem como símbolos próprios. O colar que Hidan usa é um destes símbolos, retratando o mesmo triângulo invertido dentro de um círculo que é utilizado nas Técnicas Amaldiçoadas de Jashin.

O Shinigami não é uma entidade cultuada ou descrita como divina ao longo da série. Apesar disso, é uma das poucas que parece ter origem sobrenatural de fato, indo além dos grandes níveis de poder que definem grande parte daqueles que são chamados de deuses na obra.

Sua primeira aparição ocorre ainda na fase Clássica, quando o Terceiro Hokage batalha contra Orochimaru. O ceifeiro é parte do jutsu proibido que ele utiliza na tentativa de selar a alma deste último, embora só consiga selar seus braços. Ainda assim, o enorme poder da criatura e sua ligação com o pós-vida ficam claros, já que ela é capaz de não apenas matar, como aprisionar as almas das pessoas.

Ainda que não seja exatamente um deus, o Shinigami também não é uma forma de vida como os humanos ou mesmo os Otsutsuki. Por causa disso, vale mencioná-lo quando se trata de divindades no mundo de Naruto, mesmo que ele não faça parte de uma religião.

Nenhuma religião real existe dentro do universo da série, embora elementos delas tenham inspirado alguns pontos da obra. Nesse sentido, as mais notáveis são o Budismo e o Xintoísmo, nas quais muito foi baseado.

Nomes de múltiplas técnicas do clã Uchiha vem de divindades do Xintoísmo. É o caso com Amaterasu, Tsukuyomi, Susanoo, Izanami e Izanagi. A espada Kusanagi também tem origem em contos da religião, e os portões Torii, que Naruto utiliza para selar a Raposa em si, são os mesmos encontrados na entrada de templos xintoístas. Esses portões também são vistas no mundo da própria série, como durante a jornada do protagonista ao lado de Jiraiya.

Já o Budismo inspirou alguns elementos relacionados a Pain. Os Seis Caminhos de Pain tem inspiração na religião, com seus próprios nomes vindo dos caminhos da reencarnação encontrados nela. O nome do Rinnegan vem do termo japonês para Saṃsāra, o próprio ciclo da reencarnação em algumas religiões da Índia. Já a forma da técnica de Hashirama, Arte Sábia da Liberação de Madeira: Várias Milhares de Mãos Verdadeiras, é inspirada em imagens do próprio Buda.

Outras religiões também têm influência na obra. É o caso, por exemplo, dos nomes de Indra e Asura, que possivelmente vem do Hinduísmo. Apesar disso, nenhuma dessas religiões existe dentro da história de fato, mesmo que seus nomes e crenças tenham servido como inspiração para Kishimoto.