Desencorajado pela visão dos cientistas da Terra a respeito das diversas aplicações de ciência e uso de tecnologia, Reed Richards deixa o corpo de palestrantes da Conferência Singularidade, e planeja reunir um grupo de pessoas dedicadas à ciência de forma mais livre e criativa.

A partir disso, ele reúne um grupo de jovens em busca de moldar-lhes as visões do futuro, e os torna a turma inaugural da Fundação Futuro. Contudo, após a "morte" do Tocha Humana na invasão do Aniquilador no Edifício Baxter, os membros restantes do Quarteto se tornam integrantes da equipe ativa da Fundação Futuro, sendo responsáveis por intervir em conflitos e ameaças do mesmo tipo que o Quarteto Fantástico enfrentava anteriormente.

Assim como o Quarteto Fantástico, os trajes da Fundação Futuro são feitos de moléculas instáveis. Isso permite o uso dos poderes de seus membros sem danos ao uniforme, que se ajustam ao corpo de seus usuários.

Além disso, as moléculas instáveis são impermeáveis e não se sujam com facilidade. A mudança dos trajes e das cores que simbolizam a equipe se deu como forma de respeito à suposta morte de Johnny Storm.

Inicialmente, cada membro do quarteto principal da Fundação Futuro (com exceção do Homem-Aranha) possui um símbolo que se assemelha a um triângulo composto por três hexágonos. Em cada um deles, um hexágono está em branco e os outros dois, preenchidos. O Homem-Aranha, por sua vez, possui o símbolo de aranha modificado no peito.

Já os integrantes mirins são identificados por números em seus uniformes, que vão de 1 a 17 (embora não tenha-se conhecimento de nenhum integrante que use o número 16).

Quando Johnny foi dado como morto, seu último desejo foi que o Homem-Aranha, um grande amigo seu, assumisse seu lugar no Quarteto Fantástico. Como resultado, Reed, Sue e Ben vão atrás de Peter e oferecem a ele uma vaga na Fundação Futuro.

Peter passa um bom tempo na equipe, e mesmo após o retorno de Johnny, ele ainda continua ativo, embora com menos frequência que antes.

Porém, a adição mais chocante da equipe é o Doutor Destino, o próprio Victor Von Doom, que é convidado a entrar na Fundação Futuro por Franklin e Valeria Richards. O vilão permanece na equipe, e consegue até mesmo deixar de lado seu ego incontrolável e sua busca por poder, embora uma hora acabe voltando às suas raízes e abandone o grupo definitivamente.

No momento em que soube de sua integração à equipe, Ben Grimm, o Coisa, ficou revoltado, e teve uma briga severa com Victor, que teve de ser impedida por Reed e Sue.

Após uma reunião com vários Reed Richards de realidades alternativas, o Reed da Terra-616 convoca alguns vilões - O Pensador Louco, o Cientista Supremo da IMA, Diablo, o Mago e o Alto Evolucionário - e traça alianças com eles.

Contudo, sua intenção principal é estudá-los de perto e traçar planos para poder impedir cada um deles. "Mantenha seus amigos perto, e os inimigos mais perto ainda".

Surpreendentemente, os integrantes originais da Fundação Futuro foram crianças, jovens selecionados a dedo por Reed para compor a equipe de jovens cientistas responsáveis por moldar o futuro da ciência.

Entre os integrantes, temos principalmente Franklin e Valeria Richards, os filhos de Reed e Sue. O Homem-Dragão, Alex Power, do extinto Quarteto Futuro, os molóides Mik, Tong, Korr e Turk e Bentley 23, um clone do Mago. Além deles, outros que se juntaram posteriormente foram Sangessuga e Artie Maddicks, dos Morlocks.

A segunda - e inusitada - formação da Fundação Futuro foi composta por heróis substitutos que deveriam vigiar as crianças durante alguns minutos, uma vez que os membros do Quarteto Fantástico original descobriram que seus poderes estavam falhando e precisavam viajar a outro universo para restaurá-los ao normal. Contudo, algo deu errado, e eles passaram um bom tempo lá.

A nova Fundação Futuro era composta por Scott Lang, o segundo Homem-Formiga, Darla Deering, a Miss Coisa, Medusa dos Inumanos e a Mulher-Hulk. Nessa época, um dos aprendizes mirins era Ahura, o filho de Medusa e de Raio Negro.

Em uma de suas primeiras missões ao lado do Homem-Aranha, a Fundação Futuro viajou a um recanto distinto do futuro, ou de uma realidade alternativa localizada em um futuro possível, e lá, eles descobriram que a Fundação prosperou e continuou existindo, trazendo ainda mais avanços científicos para a humanidade.

Nesse futuro, a Fundação é composta por Mega-Storm, Capitão Wakanda, Supremo, Xandar e Yancy.

A Fundação Futuro já apareceu em diversos games, principalmente como roupas alternativas dos personagens do Quarteto Fantástico e do Homem-Aranha.

É o caso de Marvel Avengers Alliance, Spider-Man: Edge of Time, The Amazing Spider-Man, Marvel Super Hero Squad Online, Marvel Heroes e Lego Marvel Super Heroes.